在國內(nèi)外學(xué)者幾番公開質(zhì)疑其可重復(fù)性過去一年后，河北科技大學(xué)副教授韓春雨關(guān)于新基因編輯技術(shù)NgAgo-gDNA的論文已由《自然-生物技術(shù)》撤回……
圖為韓春雨
在國內(nèi)外學(xué)者幾番公開質(zhì)疑其可重復(fù)性過去一年后，河北科技大學(xué)副教授韓春雨關(guān)于新基因編輯技術(shù)NgAgo-gDNA的論文已由《自然-生物技術(shù)》撤回。
北京時間8月3日，《自然-生物技術(shù)》發(fā)布聲明稱，撤回韓春雨團隊于2016年5月2日發(fā)表在該期刊的論文。澎湃新聞獲悉，論文撤回，是韓春雨主動申請撤回。
韓春雨出生于1974年，現(xiàn)為河北科技大學(xué)副教授，本科畢業(yè)于河北師范大學(xué)，碩士就讀于中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院，在中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué)取得博士學(xué)位。
在學(xué)術(shù)出版里，受到廣泛質(zhì)疑的論文在期刊的調(diào)查和協(xié)調(diào)下，往往由論文作者主動向期刊申請撤稿，以減少對論文作者科學(xué)信譽的傷害，同時避免更多的科研工作者繼續(xù)引用該論文。
此前，該論文甫一發(fā)表，韓春雨團隊及其報告的NgAgo技術(shù)得到了諸多喝彩聲。論文中所描述的NgAgo技術(shù)是利用格氏嗜鹽堿桿菌(Natronobacterium gregoryi)的Argonaute核酸內(nèi)切酶，以DNA為介導(dǎo)進(jìn)行基因編輯，簡稱NgAgo-gDNA。
在論文中，韓春雨團隊使用NgAgo-gDNA技術(shù)，在哺乳動物細(xì)胞基因組上的47個位點進(jìn)行了100%的基因編輯，效率為21.3%~41.3%。按照韓春雨團隊的實驗結(jié)果，該技術(shù)效率之高，能媲美已有“基因魔剪”之稱的CRISPR-Cas9，對基因的特定位點進(jìn)行準(zhǔn)確地剔除、添入等。
但同年7月以來，該論文的可重復(fù)性得到國內(nèi)外學(xué)者的廣泛質(zhì)疑。在按照韓春雨論文所述的方法進(jìn)行實驗后，他們無一例外地沒有看到NgAgo技術(shù)有能編輯基因的跡象。
2016年7月，來自澳大利亞、美國、西班牙的學(xué)者在社交媒體推特上公開發(fā)聲，表示無法看到韓春雨論文中的實驗結(jié)果，為避免資源浪費，呼吁科研工作者停止使用NgAgo技術(shù)。
2016年10月，北京大學(xué)、中國科學(xué)院、哈爾濱工業(yè)大學(xué)等13位中國生物學(xué)家聯(lián)名在媒體上公開發(fā)聲，表示無法重復(fù)該實驗結(jié)果，呼吁有關(guān)部門啟動學(xué)術(shù)調(diào)查。
同年11月，國內(nèi)外20位生物學(xué)家聯(lián)名在國際期刊《蛋白質(zhì)與細(xì)胞》上發(fā)表學(xué)術(shù)通訊，正式以學(xué)術(shù)規(guī)范的形式，質(zhì)疑韓春雨團隊該論文的可重復(fù)性。20位學(xué)者在各自的實驗室進(jìn)行了重復(fù)實驗，但在不同細(xì)胞系和生物中無法檢測到NgAgo技術(shù)所產(chǎn)生的基因編輯現(xiàn)象。
同月，來自美國、德國和韓國的生物學(xué)家在《自然-生物技術(shù)》發(fā)表通信文章，同樣報告了該實驗無法重復(fù)。
與通信文章同時發(fā)表的，還有《自然-生物技術(shù)》的一篇“編輯部關(guān)注”及聲明，“提醒讀者對原論文結(jié)果(韓春雨課題組論文)的可重復(fù)性存有擔(dān)憂”，并表示正在調(diào)查該論文，原作者“補充信息和證據(jù)來給原論文提供依據(jù)是非常重要的”。
不到兩個月后的2017年1月，《自然-生物技術(shù)》發(fā)言人發(fā)表聲明，表示獲得了與NgAgo系統(tǒng)可重復(fù)性相關(guān)的新數(shù)據(jù)，在決定是否采取進(jìn)一步行動之前，需要調(diào)查研究這些數(shù)據(jù)。
在被質(zhì)疑的一年時間里，韓春雨不愿公開實驗記錄，并表示他的實驗可重復(fù)，他正在不斷改進(jìn)實驗效率。韓春雨還曾表示，其他實驗室無法重復(fù)，80%的原因是實驗用的細(xì)胞被污染了。
《自然-生物技術(shù)》撤稿聲明全文：
是該數(shù)據(jù)說話的時候了
一項宣稱通過Argonaute酶實現(xiàn)基因編輯的研究被撤回，這顯示了論文發(fā)表后的同行評議在全天候媒體時代的重要性。
本期，韓春雨及同事撤回了發(fā)表于去年5月的一篇論文。該論文稱，短5′磷酸化單鏈DNA可引導(dǎo)格氏嗜鹽堿桿菌核酸內(nèi)切酶(NgAgo)產(chǎn)生雙鏈斷裂，實現(xiàn)對人類基因組的編輯。論文一發(fā)表，便引起科研人員的極大興趣和媒體的競相報道。但是很快，在推特、博客和其它社交媒體的助燃之下，有關(guān)該研究可重復(fù)性的質(zhì)疑開始迅速增多。去年11月，本刊發(fā)表了“編輯部關(guān)注”(Editorial Expression of Concern)，提醒科研界留意這些可重復(fù)性方面的擔(dān)憂。為了最終解決這個爭議，多個研究小組在數(shù)月里生成了更多的實驗數(shù)據(jù)。如今塵埃落定，這也是世界各地的許多實驗室為澄清NgAgo的功能而付出的大量時間、精力和資金的證明。
韓春雨的這篇論文自去年發(fā)表后所產(chǎn)生的影響力，再怎么夸張地說也不為過，尤其是在論文的來源地中國。中國媒體紛紛進(jìn)行報道，以大標(biāo)題宣告一項全新基因編輯系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)。這無疑是一篇中國去年被報道最多的論文；媒體監(jiān)測公司融文(Meltwater)的數(shù)據(jù)顯示，僅在論文發(fā)表后的最初兩個月，就有將近4000篇相關(guān)的中文新聞報道。
NgAgo的轟動之處集中在它有可能補充，甚至取代CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)之一點上。NgAgo有望以一個目標(biāo)序列進(jìn)行基因編輯(Cas9不僅需要目標(biāo)序列，還需要另外一個附近的識別(PAM)序列)。而且，初始數(shù)據(jù)還顯示了它在其它方面的優(yōu)勢，如引物的穩(wěn)定性更強(DNA相對于Cas9采用的RNA)，增強特異性，減少基因組編輯脫靶，改善在基因組富含GC區(qū)域的活性，以及使所用的試劑更易于合成和處理。
如果說這一切都聽上去太過美好而令人難以置信，那么去年夏天以來，隨著越來越多的實驗室無法重復(fù)該論文所報告的基因組編輯功能，質(zhì)疑聲便開始出現(xiàn)了。在各種基因組編輯會議上，在新聞討論組和電子郵件中，這篇論文成為最熱話題之一。這很快便引起媒體注意，有關(guān)該初始報告有效性的正反兩方面的聲音開始交鋒。我們內(nèi)部的圖像完整性篩查沒有發(fā)現(xiàn)韓春雨論文的明顯異常，復(fù)查數(shù)據(jù)的三位外部評審人也持相同觀點。
在此期間，《自然-生物技術(shù)》一直與科研界保持聯(lián)絡(luò)，關(guān)注各種為重復(fù)論文所做的持續(xù)努力。最終，在編輯們的協(xié)調(diào)下，三個獨立小組的成果形成了一篇單獨的反駁性論文，并通過了同行評議(Nat. Biotechnol.34, 768–773, 2016)。有了這些數(shù)據(jù)，我們就有充分的理由去提醒讀者留意該論文可能存在問題，我們將正式的“編輯部關(guān)注”發(fā)表在該篇論文所在的網(wǎng)址上，此舉得到包括韓春雨在內(nèi)的兩位論文作者的支持。
我們也詢問了論文作者是否可以解答科研界為何難以重復(fù)他們的結(jié)果。于是，去年12月，韓春雨及同事，還有另外幾個與本刊聯(lián)系的獨立研究小組，提供了新的數(shù)據(jù)，稱已經(jīng)重復(fù)了NgAgo基因編輯活性。當(dāng)時，本刊編輯和一位外部評審人都判定這些數(shù)據(jù)太過初級，不滿足發(fā)表標(biāo)準(zhǔn)。因此，我們決定給這些原始論文作者和新的研究小組更多時間來收集更多的能支持其論點的實驗證據(jù)。
現(xiàn)在，距原論文發(fā)表已過去了一年多，我們了解到當(dāng)初曾報告說初步成功重復(fù)出實驗結(jié)果的獨立研究小組，無法強化初始數(shù)據(jù)，使其達(dá)到可發(fā)表的水平。類似的，在征求專家評審人的反饋意見后，我們判定韓春雨及同事提供的最新數(shù)據(jù)不足以反駁大量與其初始發(fā)現(xiàn)相悖的證據(jù)。我們現(xiàn)在確信韓春雨的撤稿決定是維護已發(fā)表科研記錄完整性的最好做法。
這篇有關(guān)NgAgo的論文發(fā)表出來，并不是科研過程的結(jié)束，而是開始。與任何其它發(fā)表出來的報告一樣，正是廣大的科研共同體對相關(guān)方法進(jìn)行了檢驗，識別潛在的錯誤來源，驗證試劑并優(yōu)化試驗。在本例中，有多位敬業(yè)的研究者個人對已發(fā)表實驗方法的各種細(xì)節(jié)進(jìn)行檢驗，并完成記錄翔實和有對照組的反駁性研究(Protein Cell 7, 913, 2016; Cell Res. 26, 1349–1352, 2016; PLoS One, 12, e0177444, 2017)。
這篇NgAgo論文也顯示了社交媒體的利與弊。顯然，這些平臺對于迅速提醒廣大科學(xué)界留意該論文可能存在的問題發(fā)揮了重要作用。但是，它們也抬高了人們的預(yù)期，以為有關(guān)這篇論文的問題是直截了當(dāng)，可以快速解決的。然而，關(guān)于NgAgo的各種問題是無法在幾個星期或幾個月內(nèi)就能澄清的，這是有原因的。即使是簡單的實驗也需要花費數(shù)周來準(zhǔn)備、實施、分析和解決出現(xiàn)的問題。另外于事無益的是，那些進(jìn)行可重復(fù)性研究的人，其付出的努力往往得不到回報——這樣的工作單調(diào)乏味，沒有資金支持，還吃力不討好。
難怪在希望得到快速、明確答案的全天候媒體和公眾眼中，論文發(fā)表后的同行評議流程似乎慢得讓人沮喪。但是，當(dāng)涉及生物學(xué)時，往往沒有明確的答案。當(dāng)研究重復(fù)性時，有一點我們是知道的，那就是這需要花時間來做。就這篇有關(guān)NgAgo的論文而言，現(xiàn)在是時候了，數(shù)據(jù)已經(jīng)說話了。
