9月16日0—24時，31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增確診病例140例。其中境外輸入病例64例（廣東15例，福建12例，上海9例，北京7例，云南5例，黑龍江3例，江蘇3例，天津2例，內蒙古2例，遼寧2例，四川2例，湖南1例，重慶1例），含8例由無癥狀感染者轉為確診病例（廣東4例，北京1例，遼寧1例，湖南1例，四川1例）；本土病例76例（四川34例，西藏10例，貴州8例，天津5例，廣西4例，內蒙古3例，廣東3例，山東2例，海南2例，重慶2例，云南1例，陜西1例，新疆1例），含17例由無癥狀感染者轉為確診病例（四川15例，西藏1例，新疆1例）。無新增死亡病例。無新增疑似病例。
當日新增治愈出院病例298例，其中境外輸入病例43例，本土病例255例（四川74例，海南52例，廣東39例，西藏25例，內蒙古18例，黑龍江13例，天津6例，山東5例，貴州3例，新疆3例，北京2例，山西2例，上海2例，浙江2例，福建2例，河北1例，遼寧1例，河南1例，湖南1例，廣西1例，陜西1例，青海1例），解除醫學觀察的密切接觸者32242人，重癥病例較前一日增加3例。
境外輸入現有確診病例586例（無重癥病例），無現有疑似病例。累計確診病例23333例，累計治愈出院病例22747例，無死亡病例。
截至9月16日24時，據31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告，現有確診病例4088例（其中重癥病例38例），累計治愈出院病例238711例，累計死亡病例5226例，累計報告確診病例248025例，無現有疑似病例。累計追蹤到密切接觸者5803176人，尚在醫學觀察的密切接觸者202221人。
31個省（自治區、直轄市）和新疆生產建設兵團報告新增無癥狀感染者578例，其中境外輸入73例，本土505例（貴州146例，四川87例，西藏56例，廣西45例，天津40例，山東30例，湖北25例，新疆23例，甘肅14例，內蒙古9例，江西9例，陜西7例，黑龍江3例，云南3例，河北2例，重慶2例，上海1例，浙江1例，廣東1例，青海1例）。
當日解除醫學觀察的無癥狀感染者1137例，其中境外輸入68例，本土1069例（西藏379例，黑龍江135例，遼寧64例，新疆56例，山東53例，青海53例，海南51例，四川47例，河南31例，內蒙古29例，湖北29例，廣西28例，廣東25例，甘肅19例，河北17例，貴州16例，天津11例，吉林10例，江西9例，浙江4例，北京1例，福建1例，云南1例）；當日轉為確診病例25例（境外輸入8例）；尚在醫學觀察的無癥狀感染者18865例（境外輸入717例）。
累計收到港澳臺地區通報確診病例6297209例。其中，香港特別行政區405061例（出院80219例，死亡9852例），澳門特別行政區793例（出院787例，死亡6例），臺灣地區5891355例（出院13742例，死亡10469例）。
